ملخصات الأبحاث

دراسة جينومية لانتشار وباء الكوليرا في الفترة ما بين 2016–2017 في اليمن

.F. Weill et al

  • Published online:

يشهد اليمن حاليًّا - على حد علمنا - أكبر وباء للكوليرا في التاريخ الحديث. أُعلن عن الحالات الأولى في سبتمبر 2016، ومنذ ذلك الحين تم الإبلاغ عن أكثر من 1.1 مليون إصابة، و2300 حالة وفاة.

في البحث المنشور، يدرس الباحثون ارتباطات التطور السلالي، ونشوء المرض، ومحددات مقاوَمة الميكروبات للأدوية، عن طريق وضع التسلسل الجينومي لعينات معزولة من بكتيريا Vibrio cholerae المأخوذة من الوباء المنتشر في اليمن، وعينات معزولة حديثة مأخوذة من مناطق مجاورة. وُضعت هذه التسلسلات الجينومية، وعددها 116، ضمن السياق التطوري السلالي لمجموعة عالمية تضم 1087 عينة معزولة من وباء V. cholerae السابع من المجموعتين المَصْلِيّتين (01، و0139)، المنتميتين إلى النمط الحيوي (El Tor).

يُظهِر الباحثون أن العينات المعزولة المأخوذة من اليمن، التي جُمعت خلال موجتي الوباء (امتدت الأولى من 28 سبتمبر 2016 إلى 23 إبريل 2017 بعدد 25,839 حالة مشتبه فيها، وبدأت الثانية في 24 إبريل 2017 بأكثر من مليون حالة مشتبه فيها)، هي عينات معزولة من النوع المَصْلِي أوجاوا (Ogawa)، من سلالة فرعية واحدة من وباء V. cholerae السابع، من سلالة O1 El Tor (7PET). وباستخدام أساليب جينومية، يربط الباحثون انتشار الوباء في اليمن بانتشاره العالمي، كما يُظْهِرون أن هذه السلالة الفرعية كانت قد نشأت في جنوب آسيا، وأنها سببت انتشارًا للوباء في شرق أفريقيا، قبل ظهورها في اليمن. ويُظهِرون أيضًا أن العيِّنات المعزولة المجمّعة من اليمن تبدي حساسية للعديد من المضادات الحيوية شائعة الاستخدام في علاج الكوليرا، ولعائلة المضادات الحيوية من البوليميكسينات، التي تُعتبر مقاوَمتها إشارة إلى وجود النمط الحيوي El Tor.

الشكل 1 | الموقع الجغرافي لعينات معزولة لبكتيريا V. cholerae من سلالة  (El Tor 01)، التي وُضع تسلسلها، وعدد حالات الإصابة بالكوليرا المبلَّغ عنها. أ، يُظهر الرسم العدد الإجمالي الأسبوعي للحالات المشتبه في إصابتها بالكوليرا في اليمن حتى 31 ديسمبر 2017 (http://yemeneoc.org/bi)، ويُظهر الموجتين الوبائيتين. تواريخ العينات المعزولة التي وضع تسلسلها في هذه الدراسة موضحة تحت الخط البياني للوباء. ب، الموقع الجغرافي للعينات المعزولة الـ42 من سلالة (El Tor 01) من بكتيريا V. cholerae، التي تم جمعها من اليمن. أما الثلاث عينات المعزولة، التي جُمعت من المملكة العربية السعودية (المشار إليها بعلامة النجمة)، فقد تم الحصول عليها من لاجئين يمنيين من منطقة حجّة، ويُشار إليها في البحث المنشور باعتبارها "عينات يمنية معزولة". عدد الحالات في كل محافظة مشار إليه وفقًا لدراسة سابقة. وُضعت خريطة محافظات اليمن باستخدام الإصدار 2.16 من تطبيق (QGIS (http://qgis.org، وتمت الموافقة على استخدام ملف الشكل من قِبَل مكتب الأمم المتحدة لتنسيق الشؤون الإنسانية (OCHA)، في مكتب OCHA في اليمن (https://data.humdata.org/dataset/yemen-admin-boundaries). ووُضعت الخريطة الصغيرة المؤطرة باستخدام الإصدار 2.16 من تطبيق QGIS، عن طريق الإصدار 4.0.0 من خريطة الأرض الطبيعية الأساسية (https://www.naturalearthdata.com).

الشكل 1 | الموقع الجغرافي لعينات معزولة لبكتيريا V. cholerae من سلالة  (El Tor 01)، التي وُضع تسلسلها، وعدد حالات الإصابة بالكوليرا المبلَّغ عنها. أ، يُظهر الرسم العدد الإجمالي الأسبوعي للحالات المشتبه في إصابتها بالكوليرا في اليمن حتى 31 ديسمبر 2017 (http://yemeneoc.org/bi)، ويُظهر الموجتين الوبائيتين. تواريخ العينات المعزولة التي وضع تسلسلها في هذه الدراسة موضحة تحت الخط البياني للوباء. ب، الموقع الجغرافي للعينات المعزولة الـ42 من سلالة (El Tor 01) من بكتيريا V. cholerae، التي تم جمعها من اليمن. أما الثلاث عينات المعزولة، التي جُمعت من المملكة العربية السعودية (المشار إليها بعلامة النجمة)، فقد تم الحصول عليها من لاجئين يمنيين من منطقة حجّة، ويُشار إليها في البحث المنشور باعتبارها "عينات يمنية معزولة". عدد الحالات في كل محافظة مشار إليه وفقًا لدراسة سابقة. وُضعت خريطة محافظات اليمن باستخدام الإصدار 2.16 من تطبيق (QGIS (http://qgis.org، وتمت الموافقة على استخدام ملف الشكل من قِبَل مكتب الأمم المتحدة لتنسيق الشؤون الإنسانية (OCHA)، في مكتب OCHA في اليمن (https://data.humdata.org/dataset/yemen-admin-boundaries). ووُضعت الخريطة الصغيرة المؤطرة باستخدام الإصدار 2.16 من تطبيق QGIS، عن طريق الإصدار 4.0.0 من خريطة الأرض الطبيعية الأساسية (https://www.naturalearthdata.com).

كبر الصورة